Peut-on tirer des implications thérapeutiques du séquençage de nouvelle génération ?

Tout le monde connaît maintenant l’implication thérapeutique du diagnostic moléculaire de mutations ou de translocations de drivers oncogéniques tels que EGFR, ALK, ROS1 et celle de plusieurs autres altérations génétiques telles que celles de KRAS, BRAF, PIK3CA, HER2  par exemple, dont le diagnostic peut conduire à l’inclusion dans  des essais thérapeutiques.

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet la détermination de multiples altérations de gènes sur de petits échantillons de tumeur en une fois.

Pour déterminer la capacité de cette technique à déceler des mutations accessibles à un traitement, les auteurs de cette étude japonaise ont prospectivement recherché les mutations de 22 gènes impliqués dans la cancérogénèse du cancer du poumon et du cancer du colon sur des échantillons tumoraux provenant de 110 patients. Ils avaient en moyenne 70 ans, étaient pour 1/3 de sexe féminin, et non-fumeurs dans 28% des cas. Parmi ceux-ci 71% avaient un adénocarcinome et 20% un épidermoïde. Il y avait 16% de cancers de stades I et II, 7% de stades III, 55% de stades IV et 23% de récidives post-opératoires. Les prélèvements provenaient d’une biopsie dans 64% des cas et d’une intervention chirurgicale dans 36% des cas. Dans 95% des cas un prélèvement suffisant a été obtenu, sans qu’il y ait de différence entre les fragments issus de la chirurgie ou de simples biopsies.    

Le temps moyen pour l’extraction de l’ADN et de l’ARN et pour fournir les résultats au clinicien était de 25 jours.

Au total 139 mutations ont été détectées ce qui représente 1,3 mutations par tumeur. Des mutations somatiques d’au moins un gène ont été identifiées chez 69% des 110 patients, dont 72% des adénocarcinomes. La mutation la plus fréquemment retrouvée était TP53 suivie de EGFR, STK11, KRAS MET etc.

Des mutations accessibles à un traitement ont été mises en évidence chez 44 patients, dont 50% de ceux qui avaient un adénocarcinome et 14% de ceux qui avaient un cancer épidermoïde.

La choix thérapeutique, laissé à la liberté du clinicien, a été celui d’une thérapeutique ciblée chez 23 des 37 patients qui avaient à la fois une mutation accessible à un traitement et un cancer avancé ou récidivant.

Parmi ces 23 patients traités par une thérapeutique ciblée,  16 ont reçu un médicament enregistré et 7 un médicament expérimental.

Avec une médiane de suivi des patients ayant un cancer avancé ou récidivant supérieure à 1 an, la médiane de survie de ces patients était de 23,5 mois.

Les patients qui avaient une mutation accessible à un traitement et qui ont été traités avec une thérapeutique ciblée ont eu une survie significativement plus longue que ceux qui n’avaient pas de mutation. Néanmoins, les patients qui avait une mutation de ce type mais qui non pas reçu de traitement ciblé avec une survie qui était aussi significativement plus longue.

La mise en place de la NGS, qui est en train de se développer en France, sera une réponse à la demande croissante de tests moléculaires. Cet article montre bien que ce futur très proche va nous permettre de réaliser en même temps de nombreux tests moléculaires dont l’implication pratique est déjà évidente dans une grande proportion de cas.